В настоящей статье разработан метода оценки сравнительной эффективности функционирования региональных автотранспортных систем по набору показателей, отражающих экономические и экологические аспекты их деятельности, на основе использования методологии анализа среды функционирования. В качестве входов модели анализа среды функционирования рассмотрены такие негативные экологические эффекты от развития автотранспорта как годовой объем выбросов загрязняющих веществ в атмосферу и площадь земель, изъятых из продуктивного оборота и используемых под дороги. В качестве полезных выходов рассмотрен объем ВРП и количество населения в регионе. При такой постановке задачи, эффективными признаны те автотранспортные системы регионов, в которых минимальный интегральный объем негативных экологических эффектов производится при максимально возможном ВРП и количестве населения. Приведены результаты расчетов мер эффективности и целевых ориентиров по негативным экологическим эффектам (входам), проведенных в пакете прикладных программ MaxDEA по радиальному адаптационному алгоритму на исходных статистических данных за 2014 год. Эффективными по выбранному набору эколого-экономических параметров признаны автотранспортные системы Московской области, Республики Ингушетия, Республики Татарстан, Пензенской области, Сахалинской области и Чукотского Автономного Округа. Наименее эффективными признаны Республика Калмыкия, Республика Алтай, Республика Бурятия и Камчатский край.